n 1552, cinq ans après la mort de FRANCOIS 1er, son fils HENRI II reprit les hostilités contre CHARLES-QUINT. Et, malgré la paix de Cateau-Cambrésis signée entre HENRI II et PHILIPPE II en 1559, le pays pâtit d'une économie exsangue et la région continua de souffrir du fait de guerres intestines: les guerres de religion. A l'égal de Guise et Laon, Saint-Michel s'engagea dans le conflit contre les calvinistes qui pillèrent l'abbaye en 1573. Et le conflit s'étendit sur un peu plus de vingt ans.
Mais le redressement du pays ne se fit pas attendre.
a reconstruction de l'abbaye de Saint-Michel incomba à FRANCOIS DE GILLA, seigneur de Villemer, qui en devint le 36ème abbé en 1577. A l'inverse de ses prédécesseurs, il se sentait concerné par le monastère et s'efforça d'en améliorer la situation. Intendant du DUC DE GUISE, cet homme influent négocia la libération de quelques avoirs, assura la subsistance de sept prêtres religieux, deux novices et deux domestiques, et fit venir de Saint Denis, DOM NOEL LE BOSSU, docteur en Sorbonne, pour qu'il y enseignât la théologie.
n 1597, HENRI IV confia la commende de Saint-Michel à JEAN-BAPTISTE DE MORNAT 37ème abbé, né près de Venise. En 1598, l'Edit de Nantes arrêta les guerres de religion, et le traité de Vervins établit la paix avec l'Espagne.
De 1598 à sa mort en 1628, JEAN-BAPTISTE DE MORNAT fixa sa résidence dans l'abbaye de Saint-Michel et s'attela à la lourde tâche de reconstruire et faire renaitre cette dernière.
EAN-BAPTISTE DE MORNAT peut être considéré comme le second fondateur de l'abbaye. Il rebâtit l'église en sollicitant la communauté bénédictine et en choisissant de bons architectes italiens. Il remit à neuf les bâtiments abbatiaux. Il fit fructifier les revenus de l'abbaye, et négocia la levée des aliénations. Il libéra ainsi la maison de Vaux-sous-Laon, le prieuré de Bourlers près de Chimay, et parvint à racheter certains baux emphytéotiques. Il fit même quelques acquisitions.
Cardinal de Richelieu
abbaye connut une période faste et la bourgade se développa. Les terres assuraient la subsistance des tenanciers, et les « laboureurs », rares paysans indépendants, s'enrichirent. Les forges se développèrent marquant alors un début d'industrialisation.
En 1563, en réponse au relâchement des moeurs et à un très fort affaiblissement du monachisme en Europe, le concile de Trente recommanda aux abbayes de se regrouper en congrégations permanentes et organisées. Mais l'austère abbé de Saint-Michel ne parvint pas à attirer les deux grandes abbayes bénédictines de l'époque qui étaient celle de Saint-Maur du couvent de Saint-Germain-des-Prés à Paris et celle des Saint-Vanne et Hydulphe fondée par DOM DIDIER DE LA COUR, en 1604 à Verdun en Lorraine.
près la mort de JEAN-BAPTISTE DE MORNAT, l'abbaye tomba dans les mains d'ALPHONSE-LOUIS DUPLESSIS DE RICHELIEU, abbé de la Chaise-Dieu et de Saint-Victor à Marseille, et frère du célèbre CARDINAL de RICHELIEU. En 1634, ce dernier lança la France dans l' une des guerres les plus atroces : la Guerre de trente ans (1618-1648) à laquelle fit suite la guerre de Succession. La misère s'abattit à nouveau sur la Thiérache. Les communes de Saint-Michel, Hirson, La Capelle furent prises par les espagnols en 1636, puis reprises par les français. Jusqu'en 1653, le pays a été mis à sac dans des va-et-vient incessants. La famine sévit et, en 1649, la peste et de nouveaux impôts (en vue de financer les aventures du ROI-SOLEIL) frappèrent la population.
n 1552, cinq ans après la mort de FRANCOIS 1er, son fils HENRI II reprit les hostilités contre CHARLES-QUINT. Et, malgré la paix de Cateau-Cambrésis signée entre HENRI II et PHILIPPE II en 1559, le pays pâtit d'une économie exsangue et la région continua de souffrir du fait de guerres intestines: les guerres de religion. A l'égal de Guise et Laon, Saint-Michel s'engagea dans le conflit contre les calvinistes qui pillèrent l'abbaye en 1573. Et le conflit s'étendit sur un peu plus de vingt ans.
a reconstruction de l'abbaye de Saint-Michel incomba à FRANCOIS DE GILLA, seigneur de Villemer, qui en devint le 36ème abbé en 1577. A l'inverse de ses prédécesseurs, il se sentait concerné par le monastère et s'efforça d'en améliorer la situation. Intendant du DUC DE GUISE, cet homme influent négocia la libération de quelques avoirs, assura la subsistance de sept prêtres religieux, deux novices et deux domestiques, et fit venir de Saint Denis, DOM NOEL LE BOSSU, docteur en Sorbonne, pour qu'il y enseignât la théologie. 
EAN-BAPTISTE DE MORNAT peut être considéré comme le second fondateur de l'abbaye. Il rebâtit l'église en sollicitant la communauté bénédictine et en choisissant de bons architectes italiens. Il remit à neuf les bâtiments abbatiaux. Il fit fructifier les revenus de l'abbaye, et négocia la levée des aliénations. Il libéra ainsi la maison de Vaux-sous-Laon, le prieuré de Bourlers près de Chimay, et parvint à racheter certains baux emphytéotiques. Il fit même quelques acquisitions. 
près la mort de JEAN-BAPTISTE DE MORNAT, l'abbaye tomba dans les mains d'ALPHONSE-LOUIS DUPLESSIS DE RICHELIEU, abbé de la Chaise-Dieu et de Saint-Victor à Marseille, et frère du célèbre CARDINAL de RICHELIEU. En 1634, ce dernier lança la France dans l' une des guerres les plus atroces : la Guerre de trente ans (1618-1648) à laquelle fit suite la guerre de Succession. La misère s'abattit à nouveau sur la Thiérache. Les communes de Saint-Michel, Hirson, La Capelle furent prises par les espagnols en 1636, puis reprises par les français. Jusqu'en 1653, le pays a été mis à sac dans des va-et-vient incessants. La famine sévit et, en 1649, la peste et de nouveaux impôts (en vue de financer les aventures du ROI-SOLEIL) frappèrent la population.
